A Kuba szigetén februárban Kirill orosz ortodox pátriárkával tartott történelmi egyházfői találkozó indította a 2016-os évet, amelyet Ferenc pápa az irgalmasságnak szentelt és ennek jegyében menekültekkel, hajléktalanokkal és börtönlakókkal is találkozott a Vatikánban.

    A legegyszerűbb és a legsemlegesebb helyszín, Havanna repülőtere látta vendégül február 12-én a katolikus és az orosz ortodox egyház vezetőjének történelmi jelentőségű találkozóját, amely az 1054-es egyházszakadás óta az első volt. Ferenc pápának sikerült az, amelyik egyik elődjének sem. A találkozón Ferenc pápa és Kirill pátriárka harminc pontos nyilatkozatot írt alá, amely a keresztény egységet, a békét, a vallásközi párbeszédet, a család védelmét, a környezet tiszteletét szorgalmazta.
Ferenc pápa Kubából Mexikóba utazott tovább, újabb latin-amerikai apostoli látogatásra. A katolikus egyházfő a Guadalupei Szűzanya kegyhelyét kereste fel, és a világ egyik legveszélyesebb városába, Ciudad Juarezbe is ellátogatott, ahol a helyi börtön rabjaival találkozott.
2016 az irgalmasságnak szentelt rendkívüli szentév esztendeje volt, amelyben a vatikáni tömegeseményeket Ferenc pápa az irgalmasság apró gesztusaival helyettesítette: az egyházfő minden pénteken más helyszínt keresett fel, kórházakat, betegotthonokat, menhelyeket. A szentévben 20 millióan léptek át a Szent Péter-bazilika szentkapuján. A november 20-án lezárult szentév két utolsó vasárnapján Ferenc pápa a világ számos részéből érkezett börtönlakókat és Európa hajléktalanjait fogadta a Vatikánban, utóbbiak között több mint nyolcvan magyart is. A hajléktalanoknak bemutatott misén Ferenc pápa saját egyházához fordulva evangéliumi kötelességnek nevezte, hogy az egyház tagjai az igazi gazdagsággal, vagyis a szegényekkel törődjenek. A szentév végén kibocsátott Misericordia et misera apostoli levél minden felszentelt papnak joghatóságot adott, hogy az abortusz bűnével hozzá fordulókat feloldozza.
Jelentős dokumentum volt a március 19-én keltezett, A szeretet öröme (Amoris Laetitia) kezdetű apostoli buzdítás, amely a családról szóló, 2014-ben a Vatikánban tartott rendkívüli és a 2015-ös rendes püspöki szinódus eredményeihez adott pápai útmutatást. Novemberben négy bíboros nyilvánosságra hozta Ferenc pápához intézett levelét, amelyben az apostoli buzdításról fogalmaztak meg kérdéseket, elsősorban az elvált, majd polgárilag újraházasodott hívők áldozásban részesítését illetően. A bíborosok szerint Ferenc pápa apostoli buzdítása nem mindenben egyezik az egyház korábbi tanításaival, bizonytalanságot és zavart keltve a hívekben. Más bíborosi bírálatok szerint az egyház még sohasem volt ennyire megosztott.
Ferenc pápa a L’Avvenire olasz katolikus napilapban válaszolt: elutasította, hogy az egyház nevében egyszemélyes döntéseket hozna. Kijelentette, nem ő gyorsította fel az egyházon belüli változásokat, hanem azok maguktól gyorsultak fel. Arra, hogy bírálói szerint “kiárusítja a katolikus doktrínát”, Ferenc pápa úgy reagált, hogy a II. Vatikáni Zsinat (1962-1965) útját követi. Hozzátette, hogy a rosszindulattal megfogalmazott kritikák a megosztottságot táplálják és egyesek elégedetlenségének a kifejezései.
Ferenc pápa 2016 húsvét csütörtökön afrikai és szíriai menedékkérők lábát mosta meg a Róma közeli Castelnuovo di Porto központjában, amely Olaszország legnagyobb menedékkérő tábora. Április 16-án Ferenc pápa a görögországi Leszbosz szigetének egyik menekülttáborát kereste fel I. Bartolomaiosz konstantinápolyi ökumenikus pátriárka és Ieronimosz athéni ortodox érsek kíséretében. A pápa 12 szíriai menekülttel tért vissza a Vatikánba.
Július végén a katolikus egyházfő személyesen vezette Krakkóban a 31. alkalommal megrendezett Ifjúsági Világtalálkozót, amelynek zárómiséjén 3 millióan vettek részt. Ferenc pápa június végén Örményországba, majd szeptember végén Grúziába és Azerbajdzsánba látogatott: ugyanabba a térségbe két külön úton az államok közötti ellentétek miatt. Az örmény főváros, Jerevan főterén a pápa látogatása alkalmával először tartottak vallásközi imádságot. Ferenc pápa ismét népirtásnak nevezte az örmények 1915-ös, az oszmán birodalom végnapjaiban történt mészárlását. A grúzai Tbilisziben Ferenc pápa a térség békéjéért imádkozott, Baku mecsetében pedig az Isten nevében elkövetett erőszak elutasítását szorgalmazta. Október végén a katolikus egyházfő Svédországba utazott, ahol – első pápaként – a Lutheránus Világszövetséggel emlékezett meg a reformáció 500. évfordulójáról.
Ferenc pápa az idén töltötte be 80. évét, születésnapján a Róma utcáin élő olasz és külföldi hajléktalanokkal reggelizett.
A szentszéki sajtóközpont élén a szervezetet 2006 óta vezető Federico Lombardi jezsuita atyát augusztusban Greg Burke amerikai újságíró váltotta fel.